目前，對于土壤酶活的測定取樣是用鮮土還是風干土，還存在一定的爭議。
早期的土壤酶學研究多用鮮土進行測定，認為風干樣本酶活性的測定結果常常偏低，所以一般推薦新鮮土樣測定酶活性，測定的結果能代表自然狀態下的酶活性狀況，然而，實際工作中，用新鮮土樣分析，受到許多條件的限制。比如采樣與測定的時間間隔時間難于把握、鮮土濕度過時，過篩有一定難度，還有土壤中的其他侵入體分離問題等。
風干土更容易儲存和處理，使用風干土壤通常也會使得重復之間的差異更小，并使更容易回到原始土壤樣本和重復酶測定。所以研究土壤酶學時廣泛應用風干的土樣。
但是，并不是所有的土壤酶指標都適用，目前研究發現土壤脫氫酶的活性時，必須使用鮮土樣，還有測土壤硝態氮含量與銨態氮含量是也必須用鮮土樣。對于必須用鮮土的指標，最終結果表達時也是可以用干重表達，需要測定土壤的含水量，換算出干重。
國內關松蔭老師做了研究了土壤狀態及樣本貯藏條件(如濕度、時間、方法等)對不同土壤酶活性的影響及關系(見下圖)：
同時，國外Gianfreda and Bollag與 Speir and Ross等研究發現，用鮮土與風干土對酶活性的影響(見下圖)：
從研究的角度來說，如果單純比較酶活值，就需要知道比較對象的土壤用的是什么狀態的。如果比較不同區域、不同處理方式下土壤酶的變化，是可以統一采用風干樣本測試。通常重要的不是酶活性的絕對值，而是在不同區域中應用的處理方法增加了酶活還是減少了酶活性。
參考文獻：
[1]關松蔭. 《土壤酶及其研究法》1986，261頁
[2] Gianfreda, L., and J.-M. Bollag. 1996. Influence of natural and anthropogenic factors on enzyme activity in soil.
p. 123–194. In G. Stotzky and J.-M. Bollag (ed.) Soil biochemistry.Vol. 9. Marcel Dekker, New York.
[3] Speir, T.W., and D.J. Ross. 1981. A comparison of the effects of air-drying and acetone dehydration on soil enzyme activities.
Soil Biol. Biochem. 13:225–229.
